BioBarCode‎ > ‎

АК код

http://elementy.ru/news?newsid=431219

Патогенная бактерия использует простой аминокислотный код для управления генами своих жертв


Гамма-протеобактерии рода Xanthomonas вызывают заболевания как минимум у 124 видов однодольных и 268 видов двудольных растений, в том числе у земляники (слева) и перца (справа). Фото с сайтов strawberry.ifas.ufl.edu и www.umassvegetable.org
Гамма-протеобактерии рода Xanthomonas вызывают заболевания как минимум у 124 видов однодольных и 268 видов двудольных растений, в том числе у земляники (слева) и перца (справа). Фото с сайтов strawberry.ifas.ufl.edu и www.umassvegetable.org

Бактерия Xanthomonas вводит в растительные клетки белки TAL, которые проникают в ядро и регулируют активность генов. Германские и американские исследователи независимо друг от друга расшифровали аминокислотный код, при помощи которого белки TAL безошибочно распознают регуляторные участки нужных им генов. Открытие имеет важное значение для биотехнологии, поскольку позволяет целенаправленно проектировать белки, присоединяющиеся к строго определенным участкам ДНК.

Строение белковых молекул «записано» в ДНК при помощи стандартного генетического кода, расшифрованного в начале 1960-х годов. То, в каких обстоятельствах и с какой интенсивностью должны работать те или иные гены, «записано» в ДНК другими, гораздо более сложными кодами. Эта информация, расшифрованная пока лишь частично, управляет взаимодействием двойной спирали ДНК с разнообразными регуляторными белками (см. факторы транскрипции).

Общий принцип действия белков — регуляторов транскрипции состоит в том, что они находят на ДНК определенную последовательность нуклеотидов (свой «сайт связывания»), прикрепляются к нему и тем самым либо увеличивают, либо снижают активность близлежащего гена. Понятно, что в аминокислотной последовательности белка-регулятора каким-то образом «закодирована» нуклеотидная последовательность сайта связывания, иначе регуляторы просто не смогли бы найти и опознать свой сайт. Однако расшифровать этот код очень сложно. Ничего похожего на линейное соответствие между последовательностью аминокислот в молекуле белка-регулятора и нуклеотидов в молекуле ДНК обычно не наблюдается. Это естественно, поскольку белковые молекулы функционируют не в виде одномерных нитей — цепочек аминокислот, а в виде сложных трехмерных «клубков», в которые эти нити сворачиваются (либо самостоятельно, либо при помощи специальных белков — шаперонов). Зная аминокислотную последовательность белка, в принципе можно рассчитать, в какую трехмерную структуру он свернется самопроизвольно, если ничто ему не помешает. Но эта задача технически очень сложна. Кроме того, в процесс сворачивания белковой молекулы всегда может вмешаться какой-нибудь «сторонний» фактор (например, белок может быть химически модифицирован другими белками), и тогда все результаты расчетов можно смело выбрасывать на помойку. Более того, даже зная трехмерную структуру белка, очень трудно определить, какие именно аспекты этой структуры отвечают за распознавание тех или иных нуклеотидов сайта связывания.

Древнеегипетская письменность, как известно, была расшифрована при помощи Розеттского камня, на котором один и тот же текст был написан на двух языках — египетском и греческом. У молекулярных биологов тоже есть свой «Розеттский камень» — длинный список нуклеотидных последовательностей сайтов связывания и аминокислотных последовательностей белков, распознающих эти сайты. Но задачка оказалась посложнее, чем с египетскими иероглифами, и расшифровка движется медленно. Помимо вышеупомянутых трудностей, проблема еще и в том, что разные группы регуляторных белков явно используют разные системы кодирования.

В последнем номере журнала Science сообщается об успешной расшифровке одной из этих систем. Открытие сделано независимо учеными из Университета штата Айова (США) и Галле-Виттенбергского университета имени Мартина Лютера (Германия). Оба коллектива изучают регуляторные белки TAL (transcription activator–like), при помощи которых патогенная бактерия Xanthomonas манипулирует работой генома растительных клеток. Расшифровка «регуляторного кода» в данном случае оказалась возможной благодаря тому, что эти белки, как выяснилось, используют довольно простую линейную систему кодирования.

В аминокислотной последовательности белков TAL есть участок, состоящий из многократно повторяющихся 34-аминокислотных «слов». Все «буквы» (то есть аминокислоты) в этих словах одинаковы, кроме двух — 12-й и 13-й. Оказалось, что именно эти вариабельные пары букв и кодируют последовательность нуклеотидов в сайте связывания.

A — структура одного из белков TAL. B – соответствие вариабельных пар аминокислот нуклеотидам сайта связывания. C — схема строения гена UPA, регулируемого данным белком TAL. Рис. из обсуждаемой статьи Boch et al. в Science
A — структура одного из белков TAL. Красным цветом выделен участок белковой молекулы, состоящий из 17,5 почти одинаковых «слов», каждое из которых, в свою очередь, состоит из 34 аминокислот. Только две аминокислоты — 12-я и 13-я — могут быть разными в этих словах (выделены серым цветом). В данном случае в первом «слове» это аминокислоты H (гистидин) и D (аспарагиновая кислота). NLS — участок белка, сигнализирующий растительной клетке, что белок должен быть доставлен в ядро; AD — активатор транскрипции.B — соответствие вариабельных пар аминокислот нуклеотидам сайта связывания. Видно, что пара NI (аспарагин–изолейцин) всегда «кодирует» аденин (А), NG (аспарагин-глицин) соответствует тимину, и т. д.; буква N в нуклеотидной последовательности обозначает «любой из четырех нуклеотидов». C — схема строения гена UPA, регулируемого данным белком TAL. UPA-box — регуляторный участок (сайт связывания), распознаваемый белком TAL; UPA gene — кодирующая область гена, стрелка показывает направление транскрипции. Рис. из обсуждаемой статьи Boch et al. в Science

Расшифрованный код допускает неоднозначность (некоторые пары аминокислот кодируют более одного нуклеотида) и является «вырожденным» (некоторые нуклеотиды кодируются более чем одной парой аминокислот). Тем не менее этот код позволяет, зная структуру белка TAL, «вычислить» его сайт связывания, и наоборот — имея последовательность нуклеотидов, спроектировать белок TAL, который будет избирательно прикрепляться именно к такой последовательности.

 Пара аминокислотКодируемые нуклеотиды
HDгистидин — аспарагиновая кислотаC
NGаспарагин — глицинT
NIаспарагин — изолейцинA
NSаспарагин — серинA, C, G, T
NNаспарагин — аспарагинA, G
IGизолейцин — глицинT

Последнее обстоятельство особенно важно с практической точки зрения. Данное открытие открывает простой и дешевый путь к искусственному проектированию и изготовлению белков, которые будут избирательно связываться с любыми интересующими нас нуклеотидными последовательностями. Такие технологии очень важны не только для научных исследований, но и для медицины — в частности, для борьбы с вирусными заболеваниями. На их основе, в принципе, можно разработать методы изъятия из генома тех или иных нежелательных фрагментов ДНК, в том числе встроившиеся вирусные геномы. В заметке Искусственный белок поможет победить ВИЧ («Элементы», 05.07.2007) рассказывалось о том, как подобную задачу долго и мучительно решали методом искусственной эволюции. Новое открытие позволит перейти от медленных «дарвиновских» технологий к более быстрому и дешевому «разумному дизайну».

Американские исследователи в своей работе ограничились биоинформационными подходами, то есть расшифровали код путем изощренного компьютерного анализа нуклеотидных и аминокислотных последовательностей (см.: М. С. Гельфанд. Что может биоинформатика). Немцы продвинулись чуть дальше и подтвердили правильность расшифровки кода экспериментально. В частности, они спроектировали и изготовили несколько новых белков-регуляторов, соединили их с молекулами зеленого флуоресцирующего белка и экспериментально показали, что они избирательно связываются только с теми последовательностями нуклеотидов, которые были «зашифрованы» в их аминокислотной последовательности при помощи новооткрытого кода.

Источники:
1) J. Boch et al. Breaking the Code of DNA Binding Specificity of TAL-Type III Effectors // Science. 2009. V. 326. P. 1509–1512.
2) M. J. Moscou, A. J. Bogdanove. A Simple Cipher Governs DNA Recognition by TAL Effectors // Science. 2009. V. 326. P. 1501.

Александр Марков

Комментарии (11) 16/12/9 1:12К  (12) 16/12/9 14:42К (20) 19/12/9 11:52К 
(28) 27/12/9 10:26K

Патогенная бактерия использует простой аминокислотный код для управления генами своих жертв

15.12.09 
Бактерия Xanthomonas вводит в растительные клетки белки TAL, которые проникают в ядро и регулируют активность генов. Две независимых группы исследователей расшифровали аминокислотный код, при помощи которого белки TAL безошибочно распознают регуляторные участки нужных им генов. Открытие позволяет целенаправленно проектировать белки, присоединяющиеся к строго определенным участкам ДНК.
Написать комментарий
Вернуться

  14.12.2009 13:58  |   dudenkovОтветить   
 

Эта важная новость пусть чуть-чуть, но приближает нас в направлении решения задачи, решение которой всё ещё кажется практически невероятным - когда сам белок удастся сделать носителем информации, реплицирующимся с помощью ДНК, РНК или еще чего-нибудь. Возможности самоорганизации путем биологической эволюции принципиально ограничены тем, что такая эволюция обязательно должна быть цепью мелких мутаций, каждая из которых имеет достаточно высокую вероятность и дает какое-то преимущество в естественном отборе. Но по мере развития молекулярной механики и вычислений, основанных на самообучающихся алгоритмах, рано или поздно это ограничение удастся преодолеть - удастся сконструировать формы жизни, основанные на новых химических принципах, стартовые условия для которых имеют исчезающе малую возможность реализоваться на каком-либо астрономическом объекте, а также разрабатывать и создавать геномы, репродуктивные клетки и условия развития будущих организмов с нашей белково-нуклеиновой формой жизни с заранее заданными строением тела, функциями органов, инстинктами и т.д.


  14.12.2009 14:22  |   SysAdamОтветить   
  

>когда сам белок удастся сделать носителем информации, реплицирующимся с >помощью ДНК, РНК или еще чего-нибудь
Не очень понятно, какая выгода от белка, как носителя информации?
Если белки реплицировать, то ДНК на порядки по длине надо увеличивать.
Вся прелесть РНК и ДНК в том, что при своей компактности они могут производить очень длинные молекулы белков. Если бы все белки, которые производит один генный набор, скрепить в единую цепочку, то ее длина миллионократно превысит длину самой ДНК.


  14.12.2009 22:25  |   dudenkovОтветить   
   

Важное преимущество белков перед нуклеиновыми кислотами - существенно большая прочность химических связей, что делает их значительно более долговечными при облучении фоновой радиацией (так, иногда обнаруживаются обрывки пептидных цепей коллагена костей динозавров) и более гидролитически стойкими к кислотам и щелочам. Таким образом, возникновение, пусть весьма несовершенного, но очень надежного и долговечного способа хранения эволюционной информации в белках и подобных им полимерах многократно повысило бы вероятность распространения жизни в космосе "панспермией".

 
  15.12.2009 12:29  |   RattusОтветить   
    

Во-первых: не белков, а полипептидов.
А во-вторых: снизило бы возможности к дальнейшему эволюционированию, понизив вероятность мутаций, и просто воспроизводство стало бы заметно более энергозатратным.
И в-третьих: вполне возможно, что "легче убить чем прокормить", т.е. если нужна именно помехозащищенность, то лучше создавать репликаторов на сов7 другом материальном носителе, чем пыжиться с конструированием "обратной трансляции".


  15.12.2009 06:03  |   AabОтветить   
  

== инстинктами и т.д. ==

У меня есть один знакомый, который считает, что у Homo S.S. инстинкты (в частности) и бессознательные структуры (вообще) нуждаются в серьезной правке с помощью "циркуля и линейки". Товарищъ, если ему дать такую возможность, с удовольствием за это бы взядся. Тем более, у него МИФИ за плечами, большой опыт проектирования нейросетей, весьма и весьма он на короткой ноге с математикой, биологию еще не забыл и химию (биохимию подучит: не дурак)... Короче - только дай волю. Он мне так и сообщает, ничтоже сумяшеся, то ли сознательно, то ли нет, перефразируя Ф. Ницше: "Человек - мост к трансчеловеку, человек это то, что должно быть преодолено."

Похоже, к тому все и идет.

И тут даже не скажешь - к добру или нет: как определить добро-или-зло для фазового перехода? Лезет, правда, в голову слово одно.

И слово это - Апокалипсис.

Я в принципе не против. Всегда мечтал дожить до "конца света". Но, думаю,- все-таки - не судьба: 100-200 лет еще не протяну :(

Тут вспомнился анегдот в тему. Беседуют два старых недорепрессированных большевика ленинского набора. Один: "Мы-то до коммунизма не доживем..." Второй: "Да, не доживем..." Первый: "А вот дети наши - доживут!" Второй: "Да, детей жалко..."

Хотя, чего их жалеть? Ведь жалость имеет явно досознательные корни. Поэтому, думаю, когда эти корни "подправят", то будет уже не жалость (о сострадании и не говорю), а что-то типа трансгуманной жалости. То есть, как при тех же большевиках была задача формирования пролетарского мировозрения с соответствующими пролетарскими функциями, отличными от своих додиаматных корней, та и тут будет по аналогии. Например, вместо совести в гражданах предполагалось воспитать "пролетарскую совесть, не терпимую к врагам Рейха (зачеркнуто) Сов. власти". И, ведь, нельзя сказать, что программа Партии целиком провалилась. Результаты явно есть. (И.Джугашвили - почти что "лицо России".) Просто не было у большевиков нужного понимания строения живой материи. Теперь же это понимание стремительно формируется. То есть появится техническая возможность "менять инстинкты". А за единственно-верной теорией дело не станет. (Ха! Хотелось бы представить себе религии будущего при таких-то раскладах... Каково им будет без "сатаны"-то?) Заживем!

Конечно, сначала на "собачках" опыты надо провести: мы ж не коммунисты-безбожники какие-нибудь, чтоб сразу на людях-то! До собачек - на дрозофилах, нематодах разных - само собой. Потом, конечно, нужно будет проверить, как подход работает на высших приматах. Я имею в виду шимпанзе, например. Потом выяснится, что и нам бы в наших инстинктах недурно было бы порядок согласно свету разума и обретенному опыту навести, а то черти-что творим (а структура ресурсов на Земле ухудшается и напряженность в мире растет (естерсвенно, не только из-за ресурсов))! Потом, террористы всякие и маньяки. Зачем они? А как было бы хорошо прошить для начала всем желающим и их потомкам "не укради", "не убий" и т.п. Мир бы стал добрее и теплее!

Все теплее и теплее.

Сосем, то есть, тепло бы стало. Так думаю, тепло, что тот же bad trip Иоанна Богослова показался бы чудной сказкой, которая почему-то не наступила :)

 
  15.12.2009 10:38  |   dudenkovОтветить   
   

Овладение технологиями, позволяющими создавать оружие массового поражения (нанороботы, генно-селективные вирусы, ядерное оружие и т.д.), изменять саму человеческую природу (то, о чем вы говорите) и вносить в окружающую среду изменения, которые биосфера не способна скорректировать (галогенорганика, радионуклиды), действительно с высокой вероятностью окажется фатальным для любой цивилизации существ, претендующих на звание разумных, если их разуму (сознанию) не удастся, вовремя осознав интересы своего космического выживания и распространения, депрограммироваться и взять под свой контроль репликаторы - объекты, способные с помощью программируемых или контролируемых собой устройств (например, нас) создавать собственные копии - мемы, капитал, гены, наркотики, компьютерные вирусы, самовоспроизводящие роботы и т.д., с исправлением или улучшением полезных репликаторов и устранением неисправимых вредных. Процесс депрограммации должен быть разработан и инициирован существами, относящимися к исторически наиболее меметически здоровой субкультуре - научному сообществу, стремящемуся установить реальные устройство и закономерности окружающей Вселенной, знание которых позволяет сделать время жизни цивилизации не ограниченным сроком исчерпания термоядерного горючего материнской звезды (благодаря межпланетным и межзвездным перелетам) и минимизировать вред от космических катастроф - столкновений с другими космическими телами, взрывов звезд и т.д. Наша главная проблема в том, что научное сообщество на Земле почти целиком самоустранилось от принятия решений, или же отодвинуто в сторону и смирилось с этим, а решения исходят от клинических параноиков, одержимых идеей репликации капитала или другими вирусными мемами. Обо всем я много раз писал в комментариях. По характеру реакции (точнее, отсутствию адекватной реакции) уже ясно, что апокалипсис скорее всего, будет... То есть из сегодняшних тенденций следует очень высокая вероятность трагического финала для человечества. Но никакого воскресенья мертвых и даже никакого рая для запускавших процесс в близоруком расчете на свою парохиальную выгоду - не будет, и не надейтесь!

 
  18.12.2009 04:49  |   AabОтветить   
    

== галогенорганика, радионуклиды), ==

Все имеет свой период полураспада. Возможно, разумные формы жизни -тоже.

== не удастся, вовремя осознав интересы своего космического выживания и распространения, депрограммироваться и взять под свой контроль репликаторы - объекты, способные с помощью программируемых или контролируемых собой устройств (например, нас) создавать собственные копии - мемы, капитал, гены, наркотики, компьютерные вирусы, самовоспроизводящие роботы и т.д., с исправлением или улучшением полезных репликаторов и устранением неисправимых вредных. ==

Здравый посыл.

Исторически - худо-бедно пока удавалось. Но мы сейчас подходим, так сказать, к "Небу сингулярности", т.е. произойдет резкий фазовый переход, накопленные мощные знания столкнутся с необходимостью решать насущные задачи (в этом ничего нового нет: всегда сталкивались), но решать они их будут (под нашим чутким руководством) с изменением структуры нас самих. Как говаривал другой мой приятель: "Глаза страшат, а руки делают; а разум не поспевает." Затормозиться, дождаться созревания духа - не получится: едва получалось и при более скромных темпах. А мы входим в режим обострения. Мир-система попадает в область джокеров.

Вот Вам пример "благого пожелания" выпускания джина из бутылки. В 2000 году сотрудник Имперского Колледжа (Британия) Остин Бёрт предложил весьма оригинальный способ избавления человечества от малярии. Практически все живые существа (кроме вирусов) содержат в своем геноме так называемые Homing Endonuclease Genes. Нас интерисуют сейчас виды, размножающиеся половым путем. Считается, что это остатки укрощенных вирусов весьма особого рода. Во время гаметогенеза этот участок мутантной ДНК активируется, синтезируется особый белок, который находит на парной хромосоме (необязательно незараженной) то место, где на мутантной хромосоме сидит собственно HEG (какова информация на второй хромосоме - не важно). Белок разрушает это место на здоровой (вернее, на парной (как говорил, не обязательно здоровой)) хромосоме. Белки-репараторы восстанавливают деффект, используя информацию с мутантной хромосомы - вуаля - на обеих хромосомах оказывается старина HEG. Если на второй парной хромосоме сидит HEG того же вида, что и на первой, то конфликта не происходит. HEG'и сидят на "мусорных" участках хромосом, сильно организмам никак не вредя, кроме того, они не обладают свойством подвижности, т.е. по хромосоме не скачут аки блоши. Тихо преуспевают вместе с видом-хозяином. Но если - следите за руками!- передвитнуть этот HEG так, чтобы он располагался напротив куска ДНК, кодирующего жизненно важный белок, то... Ну Вы уже поняли, мир можно избавить не только от малярийного комара, но и от любого другого, размножающегося половым путем, вида. Например, от Homo S.S. (О видах, размножающихся неполовым путем, я речь не веду.) Естественно, общественность, руководствуясь здравым смыслом, упомянутым Вами, завернула г-на Бёрта с его прогрессивеыми идеями под тем благовидным предлогом, что бедный малярийный комарик служит кормом разного рода тварям божиим, и нарушать так грубо пищевые цепи - нельзя. Не знаю, не высказывались ли Бёртом пожелания, что если нельзя покончить с комариком, то, может, стоит таким вот макаром разобраться собственно с плазмодием, а за одно и технологию отработать: мало ли зачем она еще сгодится.

Ну нельзя, так нельзя. Но если очень хочется... А хочется - очень. Давайте посмотрим на менее травматический вариант этой технологии. Если посадить HEG (а лучше - несколько разных HEG'ов в соответствующих местах) в ДНК Papaverum Somniferum (мака опийного, то есть), так, чтоб, например, блокировался синтез белков, ответственных за окислительное сворачивание тетрагидроизохинолинового предшественника морфановых алкалоидов, и высеять этот новый мак под окнами лаборатории, то со временем вся мировая популяция мака перестанет синтезировать морфин. (Конечно, для ускорения процесса этот мак нужно высеять на полях мирных афганских крестьян, это понятно.) Ай как хорошо! Я-то - за обеими руками. Что тут не так? Понятно, что проект потребует ресурсов и времени (но не ахти как много: примерно 10 млн баксов, примерно 5-10 лет на выведение нового сорта мака, примерно 5-10 лет на распространение пожара по популяции.) Понятно, что осуществлять его надо в глубочайшей тайне вообще: иначе аффторов разберут на атомы либо наркоторговцы, либо спецслужбы (они, как ни странно, весьма незаинтересованы в таком вот прогрессе науки), либо еще кто-нибудь из каких-нибудь "зеленых". Допустим, что таки удалось сделать все по-тихому - и процесс пошел. Тут надо заметить, что утрата маком способности синтезировать морфин не будет нарастать плавно. (См. Приложение в конце поста.) Есть сорта мака, в которых экспрессия интересующих нас генов заблокирована,- это мирные масличные сорта, они вполне жизнеспособны и от отсутствия морфина в своем теле ломки не испытывают.

И когда начнется обвал, будет по настоящему весело: представьте себе, как будут развиваться события на наркорынке в частности, и в обществе вообще (т.к. морфин используется еще и в медицине, и есть легальный рынок морфина; но не только поэтому). Разумеется, шило в попе не утаишь, и что случилось с маком, вскоре станет ясно. Допустим, что несклонные к паранойе научные круги, убедят всех, что HEG'и случайно так вот перепрыгнули, а кто-нибудь и запоет хвалу милости Божией по кротости ума своего :)

(Это объяснение, конечно, не пойдет, если будет больше одного HEG'а или если они будут не родные маку, а явно привнесенные по ГМ-технологии; вот тут-то паранойя и подразгуляется.)

Но тогда ж решат, что раз явно поперло, то надо так же поступить и с коноплей и с др. вредными растениями. И, ведь, поступят. Да и Кришна бы с ними, с растениями: не убивать же их будут. НО! Технология, она станет опробированной и доступной.

Какова гарантия, что какие-нибудь состоятельные последователи Антона Лавея или Алейстера Кроули (или же их, так сказать, антиподы, стоящие на "стороне добра", в отличие от этих двух открытых сатанистов) не решат, что есть, собственно, еще один, главный вредный вид. Да, да - тот самый Homo S.S. Этим безумным ребятам будет ГОРАЗДО сложнее: человек - не конопля. Совсем уж калька тут не возможна. Но, поверьте, эти люди не боятся трудностей и деньги у них есть. Найти теток и дядек, которые будут рождать "детей погибели" - не проблема: людей, которые ненавидят человечество как явление, хватает. Если же этим товарищам удастся спроектировать ретровирус, который сажает HEG в клетки, призводящие гаметы, то и уж слишком долго ждать результата им не придется. 2-3 поколения - и усе, регламент.

== По характеру реакции (точнее, отсутствию адекватной реакции) уже ясно, что апокалипсис скорее всего, будет... ==

Хе. Это еще цветочки... Неужели, Вы никогда не видели ПО-НАСТОЯЩЕМУ неадекватной реакции? :)

== Но никакого воскресенья мертвых и даже никакого рая для запускавших процесс в близоруком расчете на свою парохиальную выгоду - не будет, и не надейтесь! ==

Я по "вероисповеданию" гностик. И "господь наш" Ялдабаоф отнюдь не предстваляется мне морем любви и разума с островом праведного суда "посредине". А по профессии химик. Хобби - алхимия, юнгианский психоанализ.

*** Приложение ***

Предположим, что:

1) Немутантная особь (A) при скрещивании с немутантной же особью (A) дают плодовитое немутантное потомство (A); т.е. (A)*(A)=(A). Синтез морфина идет.

2) Мутантная гетерозиготная особь (B), у которой лишь одна из парных хромосом несет HEG, при скрещивании с (A) дает (B) не в 50% потомков, а в 100% (реально чуть меньше 100% из-за ошибок); (B)*(A)=(B), (A)*(B)=(B). То есть не важно, кто из родителей является носителем мутации. Синтез морфина идет.

3) При встрече двух мутантов (B) получается мутант (С), гомозиготный. (B)*(B)=(C). Синтез морфина не идет.

4) (C)*(C)=(C) в 100%, естественно. Синтез морфина не идет.

5) При встрече (B) c (C) имеем (С) в 100%, т.е. (B)*(C)=(C), (C)*(B)=(C). Синтез морфина не идет.

6) При встрече (C) c (A) имеем гетерозиготную (B) в 100% (почти), т.е. (C)*(A)=(B), (A)*(C)=(B). Синтез морфина идет.

Можно построить нехитрую итерационную модель, показывающую необратимый рост (C) в популяции. На начальных стадиях преобладают (A), потом начинается рост количества (B) и слабый рост количества (C). И (A), и (B) производят морфин, поэтому достаточно долго как бы ничего не происходит. По мере нарастания количества (B) идет ускоряющийся рост (C), который, кроме того, подстегивается автокаталитически. Количество (B) по времени имеет вид сперва возрастающей, а потом убывающей функции. (A) от времени - убывающая функция, причем - нелинейно. (C) от времени - нелинейно возрастающая. Производство морфина определяется суммой вкладов (A) и (B), поэтому она сначала практически постоянна, а потом резко срывается вниз. Для простоты стоит положить плодовитость всех комбинаций (A), (B) и (C) одинаковой, а (A)+(B)+(C)=const, т.е. популяция не растет.

  
  18.12.2009 13:54  |   dudenkovОтветить   
     

Разумеется, рано или поздно придется разработать технологию инактивации белков, кодируемых такими HEG, с последующей заменой на поддерживающие хромосомы в форме безобидные некодирующие последовательности, которые далее по мере необходимости можно было заменять на новые гены, полезность наличия которых у людей обоснована - например, кодирующие белки, клетки и органы утраченных на "узких местах" нашей эволюции способностей - например, утраченного в ветви приматов развитого многокомпонентного обоняния, утраченной в человеческой ветви гоминид высокой эффективности иммунитета в отношении выявления и устранения раковых клеток, и многого другого. А чтобы свести к минимуму вероятность упомянутых вами и других возможных эксцессов, начинать нужно именно с меметической дезинфекции, чтобы "рыба не гнила с головы", где под рыбой понимается вся человеческая цивилизация, структура нервной системы которого пока что на уровне кишечнополостного, ну максимум плоского червя, и к тому же хронически больная из-за меметических вирусов, подобно упомянутым вами HEG, занимающим место чего-то полезного - всё это невзирая на высокий интеллект отдельных индивидуумов!
И ещё: попадание HEG в жизненно важные места геномов в результате попадания в транспозоны или приобретения подвижности иными способами наверняка было причиной многих имевших место в прошлом массовых вымираний видов, что отдаленно напоминает истребляющую сейчас тасманийских дьяволов эпидемию заразного рака. Остается надеяться на то, что технологии инактивации кодируемых HEG белков будут разработаны раньше, чем манипуляции HEG станут доступны для опасных параноиков. А что касается выявления таких параноиков, технологии типа МРТ-детекторов лжи со временем будут все доступнее и востребованнее, хотя бы с точки зрения носителей капиталистического репликатора и его транспортных мемов. Что касается лечения таких параноиков, уже известен участок мозга, в структурах связей которого записываются патологические зависимости - дело за тем, как научиться дифференцировать их от полезных, с учетом того, что образование синапсов уже удается наблюдать ин виво.

   
  23.12.2009 04:25  |   AabОтветить   
      

Чтоб модераторы не потерли, надо хоть пару слов сказать по теме обсуждаемой статьи.

Есть такой интересный, но не бесспорный, автор А.Хазен. Я у него вычитал мысль о важности наличия двух и более взаимосвязанных информационных каналов циркуляции информации. Таковое наличие обеспечивает возможность взаимной эволюции этих систем. Он приводит пример взаимосвязи электрических и химических явлений в нервной ткани. Думаю, можно и пример из обсуждаемой статьи в этом контексте рассматривать: тут тоже две системы (нуклеиновые кислоты и белки), обе, правда химические, но химически разнородные по отношению друг к другу, что, собственно и суть важно. Хорошо, что народ продвинулся в области понимания механизма обратной связи. Ведь обратные связи - положительные и отрицательные - основа всякого управления, всякой циркуляции информации и ее синтеза.

***

== рано или поздно придется разработать технологию инактивации белков, кодируемых такими HEG, с последующей заменой на поддерживающие хромосомы в форме безобидные некодирующие последовательности, которые далее по мере необходимости можно было заменять на новые гены, полезность наличия которых у людей обоснована - например, кодирующие белки, клетки и органы утраченных на "узких местах" нашей эволюции способностей ==

Хорошая мысль. Замечу лишь, что как я уже писал, HEG'и сидят именно в неважных местах, сильно не вредя, тихо сидят - и тихо размножаются вместе с хозяином, слегка его энергетически объедая: паразиты, что с них возьмешь?

== А чтобы свести к минимуму вероятность упомянутых вами и других возможных эксцессов, начинать нужно именно с меметической дезинфекции, чтобы "рыба не гнила с головы", где под рыбой понимается вся человеческая цивилизация, структура нервной системы которого пока что на уровне кишечнополостного, ну максимум плоского червя, и к тому же хронически больная из-за меметических вирусов, подобно упомянутым вами HEG, занимающим место чего-то полезного - всё это невзирая на высокий интеллект отдельных индивидуумов! ==

Я как раз просил Вас вкратце описать такое депрограммирование от паразитических мемов или сказать, где об этом можно прочесть. Но, может, Вы именно Броуди и имеете в виду?

Относительно "коллективного разума": сумма интеллектов десяти интеллектуалов равна интеллекту одного крокодила ((с) К.Г.Юнг), если не предприняты меры по организации их (интеллектуалов) сообщества (мое дополнение); однако, кроме интеллектуалов таковую организацию никому поручать не стоит: не трудно догадаться, что сумма интеллектов десяти неинтеллектуалов меньше интеллекта одного крокодила. Но организационными делами горазд порулить политики. Тут я умолкаю, ибо сумма их усилий - крокодил заплачет. Впрочем, это не новость. Один человек выполняет работу за одну единицу времени, два - почти за половину, а три - не за треть, а, примерно, за четверть: они друг другу мешают, тормозится коммуникация из-за ошибок в передаче и восприятии полезной информации. Поэтому народ разбивается на группы с прорабом во главе. Над группой прорабов сидит Главный прораб. Над группой Главных прорабов - Еще Более Главный. И т.д., но не до бесконечности: уровней иерархии не много, иначе сигнал сверху до низу просто не дойдет.

Депрограммирование, как я понимаю, необходимо на всех уровнях. Но внешней депрограммирующей силы - нет. Тут у меня столько вопросов... Но задать их - впасть в широчайший оффтоп.

== И ещё: попадание HEG в жизненно важные места геномов в результате попадания в транспозоны или приобретения подвижности иными способами наверняка было причиной многих имевших место в прошлом массовых вымираний видов, ==

Такие предположения выдвигались. Чтобы их подтвердить, нужен опыт - смелый и решительный. В хорошо закрытой шарашке развести какую-нибудь блошь, ввсести в ее популяцию HEG-мутантов и посмотреть, как будут развиваться события. (Естественно, требуется, чтобы блоши из блошиного домика не разбежались, не попали в окружающую среду.)

== что отдаленно напоминает истребляющую сейчас тасманийских дьяволов эпидемию заразного рака. ==

У собак есть особый рак, передающийся половым путем. Именно передаются раковые клетки, а не онковирус какой-нибудь.

== раньше, чем манипуляции HEG станут доступны для опасных параноиков. ==

Кроме параноиков есть еще некрофилы. Согласитесь, эти еще хуже. Один такой перец хорошо описан в книге Э.Фромма "Адольф Гитлер. Клинический случай некрофилии." (Это отдельно изданная глава из более обширного труда "Анатомия человеческой деструктивности").

== А что касается выявления таких параноиков, технологии типа МРТ-детекторов лжи со временем будут все доступнее и востребованнее, хотя бы с точки зрения носителей капиталистического репликатора и его транспортных мемов. ==

Оно, конечно, так. (В скобках замечу, что классическую психиатрию и разнообразные психоаналитические школы тоже еще пока никто не отменял.) Но капиталистический репликатор заинтересован в первую очередь в ответственных работниках, а небольшая склонность к паранойе даже приветствуется: на противоположенном крайнем полюсе по отношению к паранойе находится инфантильное благодушие. Так что, параноидальность абсолютно вредна только в клинических случаях; в средних - она мешает жить индивидууму и его окружению, но с этим люди борятся (тот мой первый знакомый, который рассуждал а ля Ницше, знает за собой склонность с этому неприятному состоянию души и даже сам пытается с собой бороться, иногда - успешно); а легкие формы - да я сам слегка "того", но зато это меня слегка страхует от "всеобщей бесконечной некритичной любви и доверия всем и всему", там, где мой интеллект не справляется с холодным и четким анализом ситуации.

Вот, например, мне моя легкая склонность напоминает прямо сейчас, что недавно в Индии на основании МРТ одну женщину осудили за отравление (http://www.wired.co.uk/wired-magazine/archive/2009/05/features/guilty.aspx?page=all) Как я понимаю, прямых улик, что это сделала именно она не было. А этак можно далеко зайти. Вера в беспредельную силу науки (при ограниченности науки как таковой) может творить чудеса не хуже инквизиции, достаточно вспомнит Великую Французскую революцию.

== Что касается лечения таких параноиков, уже известен участок мозга, в структурах связей которого записываются патологические зависимости - дело за тем, как научиться дифференцировать их от полезных, с учетом того, что образование синапсов уже удается наблюдать ин виво. ==

Угу. Но опыты на людях запрещены. А шимпанзе и др. высшие приматы: они чем-то а ля наша старая добрая паранойя болеют? А даже если и болеют, на нас-то сильно влияет наличие цивилизации (я в одном предыдущем посте более развернуто писал).

 
  15.12.2009 13:33  |   feb7Ответить   
   

Ну, Вы прямо компиляцию "Вертикального прогресса" и "Суммы технологии" изложили. Я сразу мэтров Стругацких и Лема вспомнил... и всплакнул о безвозвратно ушедшей юности.

А если серьезно, при появлении железной дороги высказывались опасения, что при огромной скорости 12 км/ч люди в вагонах будут задыхаться, следовательно, железные дороги следует запретить.

Угрозу несут вовсе не новые технологии и новые открытия, а те люди, которым эти технологии в руки попадают.

  
  15.12.2009 15:21  |   dudenkovОтветить   
    

Так и я о том же - об опасности, исходящей от одержимых патологическими мемами, если к ним в руки попадут потенциально опасные технологии, и о том, что технологии нужно развивать, а исходящую от влиятельных ныне меметических параноиков опасность можно и нужно заблаговременно устранить бескровным, даже очень гуманным способом - депрограммацией этих лиц. Однако активности в этом направлении с параметрами, дающими основания для оптимизма, пока не наблюдается. Благо пример уже был - гориллообразные параноики из генералитета США легко надурили ученых, заверив, что новое оружие будет использовано против крупных скоплений войск. Первыми овладев ядерным оружием, они на полном серьезе готовились разбомбить СССР своими бомбами, только хотели накопить их побольше.
Вместе с тем стремительное развитие на Западе практической психологии (эриксоновский недирективный гипноз, НЛП и другие технологии скрытого управления), противовеса чему в СССР не могло возникнуть в силу рабской подчиненности гуманитарных наук новой официальной религии - марксизму-ленинизму, окостеневшему в состоянии начала 20-го века, дало политическим элитам Запада реальную возможность почти бескровно получить полный контроль над территорией большинства стран коммунистического блока, что и было вскоре осуществлено с помощью "перестройки" и "бархатных революций", а в дальнейшем зависимые режимы так же легко сменялись на еще более зависимые с помощью "оранжевых революций". Как это делалось технически, подробно проанализировано в книгах Сергея Кара-Мурзы "Манипуляция сознанием в России сегодня" и "Оранжевая мина".
Вопрос вот в чем: настало время для применения этих самых технологий манипуляции сознанием для незаметного изменения современного меметически одержимого сознания воротил реальной политики (в первую очередь - владельцев СМИ, крупнейших банков, промышленных монополий) в научно обоснованную сторону, с выведением их из-под влияния организованных религий и других традиционных вирусно-мемоцентрических сообществ. Это создаст необходимые условия для того, чтобы задница человечества перестала прокладывать ему путь, и наконец-то впереди оказалась та часть человечества, которая реально является его глазами, ушами и мозгом.
К приводимому примеру краха коммунистической системы - одно важное пояснение. Нельзя забывать о том, что в коммунистической идеологии было два рациональных зерна, отсутствующих в доминирующих идеологиях современной политики - впервые за всю человеческую историю брался под контроль такой репликатор, как капитал - самый примитивный из всех известных репликаторов, а опасные парохиальные и апокалиптические мемы традиционных религий выбрасывались на помойку вместе с их явно антинаучным содержимым.
Взгляды, излагаемые мною в этом и других комментариях, я выводил путем логических размышлений из идеи мема как репликатора, изложенной Ричардом Докинзом в последней главе книги "Эгоистический ген", и кратко сформулировал в своем блоге в ЖЖ под тем же ником своей фамилии года 4 назад, в принципе не будет ничего удивительного, если подобные идеи приходили и к другим - в науке есть такая вещь, как воспроизводимость. "Сумму технологии" Лема я прочитал только год назад, книга очень проницательная, но о необходимости депрограммации, опережающей развитие потенциально опасных технологий, там ничего нет (так что откуда взяться упомянутой вами компилляции - не знаю), а Стругацких не читал ничего, кроме "Пикника на обочине" и чего-то недавнего, названия чего даже не запомнил из-за крайнего примитивизма (и мемозависимости) содержания по сравнению с Пикником.

  
  16.12.2009 12:41  |   feb7Ответить   
     

2 dudenkov. Вы "Сумму технологии" невнимательно прочли. Напомню, Лем написал ее в 1961 году, когда компьютер стоил, как ракетный крейсер, и следовательно, о ПК даже мечтать не могли. Там действительно нет такого термина "депрограммация", зато указывается опасность информационного вакуума, когда темп новых открытий в науке начинает тормозить развитие человечества. При этом возникает искушение поручить "выращивание информации" автоматам, а правительство заменить автоматическим регулятором. Я не буду пересказывать дальше - читайте сами.

Компиляция из двух источников предлагает некое объединение. Если один из источников Вам неизвестен, о какой компиляции может идти речь? Это как попробовать хлопнуть в ладоши - одной рукой)))

И еще)))) свой предыдущий пост я адресовал не совсем Вам, а уважаемому человеку под ником "Aab" - но все равно спасибо, что приводите интересные соображения.

  
  18.12.2009 14:38  |   dudenkovОтветить   
      

Что касается торможения развития человечества чрезмерно разбухшей наукой - Лем действительно обосновывает неизбежность прохождения такого этапа для цивилизаций на пути к астрономическому масштабу деятельности. Но в настоящее время до этого далеко - на бумаге всё гладко, но это не повод забывать об оврагах. А именно: эффективность использования научной информации сейчас упала до критической отметки никак не из-за того, что ученые занимаются ерундой, а из-за того, что всё чаще научная информация оказывается неизвестной или недоступной для тех, для кого она может быть полезна - в первую очередь для других ученых и для учащейся молодежи. В настоящее время издательства, захваченные меметическими рабами капиталистического репликатора, требуют от 20 до 40 у.е. за полный текст статьи, для получения ответа на рядовой текущий вопрос ученому часто требуется просмотр многих десятков и сотен таких текстов, а подписки доступны только для самых крупных институтов, причем руководство многих институтов, реально (т.е. до своего фактического превращения в чиновников) занимавшееся наукой только в доинтернетовскую эпоху бумажных реферативных журналов, к тому же когда руководство СССР исправно выделяло валюту на поступление научной периодики в ведущие научные библиотеки - часто вообще не понимает, зачем эти подписки нужны, и далеко не всегда им удается это объяснить. Даже если эти подписки есть, то лишь на некоторую часть из всего спектра научных издательств, часто доступны только публикации только начиная с некоторой даты (потому что остальные - в электронном архиве, на подписке на который кто-то, не посоветовавшись с учеными, решил сэкономить). С базами данных, позволяющими искать информацию по более качественным критериям (например, по химическим или структурным формулам, что до сих пор невозможно в поисковых системах издательств и электронных библиотек), ситуация еще более плачевная - многие активно работающие ученые даже не знают о существовании баз данных, способных значительно повысить КПД их работы. Мне до сих пор непонятно, почему поисковые системы научных издательств, в том числе специализированных на химии, не предусматривают возможность поиска по строчным химическим формулам, то есть по обычным текстовым фрагментам, только включающим в себя верхние и нижние индексы - как они кодируются в html, знаю, но такие запросы не распознаются - почти все тексты есть только в pdf. Общий недостаток существующих поисковых систем - неспособность работать с запросами, составленными на человеческом языке, хотя бы с ограничениями на степень сложности грамматики, и проводить смысловой анализ информации с учетом возможных синонимов и перефразов.
А что касается меметики... Лем точно почувствовал тенденцию развития СМИ и досуга в сторону подробно описанной им фантоматики, и он очень точно предвосхитил наблюдаемые сейчас тенденции, но вопрос в том, что интересы выживания или безопасности цивилизации разумных существ требуют создания жестких ограничений на развитие этой паразитной сферы, одним из самых эффективных способов чего видится предлагаемая мной депрограммация (я не первый ее предлагаю - у Ричарда Броуди об этом недавно прочел, он называет ее меметической дезинфекцией).

   
  23.12.2009 04:49  |   AabОтветить   
       

Крик души.

== В настоящее время издательства, захваченные меметическими рабами капиталистического репликатора, требуют от 20 до 40 у.е. ==

Не все, слава богу. Но факт имеет место быть :(

== часто вообще не понимает, зачем эти подписки нужны, и далеко не всегда им удается это объяснить. ==

А трудно понять, откуда взять, например, $21000 на годовую подписку на 24 диска Chemical Abstracts. Сейчас, правда, само издательство расщедрилось и выделило бесплатную возможность поиска по инету для нашей лавочки (ИОХ им. Н.Д.Зелинского). Beilstein тоже любезно предоставлен нам был в свое время по инету (и до сих пор есть). Кроме того, цены сейчас стали на подписку на Chemical Abstracts и Beilstein по инету уже гораздо меньше $21000 в год.

== Мне до сих пор непонятно, почему поисковые системы научных издательств, в том числе специализированных на химии, не предусматривают возможность поиска по строчным химическим формулам, то есть по обычным текстовым фрагментам, только включающим в себя верхние и нижние индексы ==

Да, было бы недурно, если бы издательства решили этот вопрос.

== я не первый ее предлагаю - у Ричарда Броуди об этом недавно прочел, он называет ее меметической дезинфекцией ==

Попробую поискать Броуди. Однако, к слову, вспомнилась одна история. У К.Г.Юнга был один пациент, сам бывший врачь. Как раз у того была - Вы будете смеяться - параноя. Мда. Однажды Юнг встретил пациента в приподнятом состоянии духа и осведомился, как тот себя чувствует. "Превосходно,"- отвечал больной и добавил: "Я сегодня ночью дезынфицировал небо сулемой. И не нашел там никаких следов Бога!" Юнг далее пишет, что счел это СЕРЬЕЗНЫМ ухудшением симптоматики, и что прогноз - неблагоприятный. Так оно и вышло на самом деле :(

Поэтому с "меметической дезинфекцией" надо серьезно разбираться, а то как бы чего не вышло боком, прям по В.С.Черномырдину: "Никогда такого не было, и вот - опять!" & "Хотели, как лучше, а получилось, как всегда." (В последнем случае ЧВС цитирует, не зная о том, одного святого, тот тоже все сокрушался, обращаясь к Богу, что, мол, хочется, как лучше, а... Святой относил этот эффект на счет недостаточной своей веры в Бога.)

  
  18.12.2009 05:38  |   AabОтветить   
     

Прошу прощения, что отвечаю на пост, адресованый не мне. (Модераторы-депрограмматоры при необходимости сотрут...)

== об опасности, исходящей от одержимых патологическими мемами, если к ним в руки попадут потенциально опасные технологии, и о том, что технологии нужно развивать, а исходящую от влиятельных ныне меметических параноиков опасность можно и нужно заблаговременно устранить бескровным, даже очень гуманным способом - депрограммацией этих лиц. ==

Весьма похвально такое намерение :) Напоминает, правда, загон в рай дубинкой. Но если Вы возмутитесь, и скажете, что это скорее отгон от ада, и не дубинкой а вразумлением в виде депрограммирования, пойму.

Не знаю, как коллективная паранойя, но индивидуальная депрограммированием не устраняется: у нее явно есть корпоральные составляющие. А индивидуальные подпитывают коллективную. Кроме того, представление об апокалипсисе - оно было только оформлено сознанием, а возникло из конфликта новых сознательных структур и предшествующих им, породивших их, но не отмененных ими, а лишь загнанными в тень бессознательного, структурами. Тут также очень важен конфликт естественно-природного и построенного человеком, не столько через осознание, сколько через чувства, интуицию и ощущения. Т.е. депрограммировать предстоит еще и "железо". А я тут шибко мягкого варианта не вижу :(

== Однако активности в этом направлении с параметрами, дающими основания для оптимизма, пока не наблюдается. ==

Вот-вот. К.Г.Юнг насчитывал в послевоенной Европе 50-х примерно 60% достаточно вменяемых при тихой погоде людей. А он был лично знаком с более чем 1000 человек, причем, не все они были его пациентами. Кроме того, он умел смотреть по сторонам на людей ему лично не знакомых, но вполне понимаемых.

== Благо пример уже был - гориллообразные параноики из генералитета США легко надурили ученых, заверив, что новое оружие будет использовано против крупных скоплений войск. ==

А.Д.Сахаров после испытания "Кузькиной Матери" как-то за столом поднял тост за то, чтобы это оружие гремело лишь на полигонах. Один из генералов поправил его: "А это уже не вам решать." Слово "вам" он произнес одновременно и с большой, и с маленькой буквы: имелся в виду и лично Сахаров, и ученые вообще.

С чего бы у амеров должно было бы быть по-другому? Дык и не было.

== Первыми овладев ядерным оружием, они на полном серьезе готовились разбомбить СССР своими бомбами, только хотели накопить их побольше. ==

Вполне понятные желания. Ибо все мы - неадертальцы духа в массе. Не могу о себе сказать, что реально слез с дерева. Но буду рад, если Вы меня заверите, что не все уж так плохо :)

Кстати, наши деятели хотели того же самого - бомбануть клятую Америку, но тоже считали, что потенциала маловато, хотели поднакопить. Это взаимное поднакапливание привело к гонке вооружений. Она идет и сейчас. Кроме того, дети "Кузькиной Матери" расползлись от Индии до Израиля, от Пакистана до Северной Кореи, от Франции до Китая; далее, видимо,- везде, где ресурсов хватит. Вон, и Уго Чавес уже мечтает о мирном атоме а ля иранский Ахподинежид. А у Ахмадинежада ученые уже ГМ-коз выращивают... Мирных вполне и полезных. Эх! Красота.

== стремительное развитие на Западе практической психологии (эриксоновский недирективный гипноз, НЛП и другие технологии скрытого управления), ==

Не надо путать вспомогательное средство достижения цели и фактически сложившиеся предпосылки к трансформации СССР.

== Сергея Кара-Мурзы "Манипуляция сознанием в России сегодня" и "Оранжевая мина". ==

Ему-то простительно. А нам-то зачем? В смысле, путать зачем? (Эх, давича прочел я одну такую книгу, "Философия информационной войны называется", автора не помню, как зовут. Неплохая букерия. Если паранойю отбросить. К сожалению, в случае с Сергеем К.-М. ее отбросить не получится: она у него в базисе.)

== Вопрос вот в чем: настало время для применения этих самых технологий манипуляции сознанием для незаметного изменения современного меметически одержимого сознания воротил реальной политики (в первую очередь - владельцев СМИ, крупнейших банков, промышленных монополий) в научно обоснованную сторону, с выведением их из-под влияния организованных религий и других традиционных вирусно-мемоцентрических сообществ. ==

Злостный оффтоп развожу, но если модератор потерпит, ответье, как Вы этот процесс себе представляете? Вкратце, без бимолей.

== изложенной Ричардом Докинзом в последней главе книги "Эгоистический ген", ==

Р.Докинза в служении запретить! :) (Шутю. Сам его люблю нэжно. За ценные мысли - отдельно, за задор - отдельно; и обе любви - разные.)

PS Не смотря на достаточное расхождение наших с Вами позиций, есть ощущение некой конгениальности в подходах. Поймал себя на такой вот странной мысли.

  
  18.12.2009 04:54  |   AabОтветить   
    

== следовательно, железные дороги следует запретить. ==

Много, чего "следует запретить". Мне иногда даже самого себя хочется "запретить" :(

И - ничего: люди и не с такими желаниями живут :)

Запретить ничего не получится, я не настолько наивен, вполне сие понимаю.


  14.12.2009 20:57  |   a_bОтветить   
 

А для чего бактерия регулирует чужие клетки? Какая ей от этого радость?


  23.12.2009 03:18  |   AabОтветить   
  

== А для чего бактерия регулирует чужие клетки? Какая ей от этого радость? ==

Она от этого становится толстая и румяная. И - плодится, плодится, плодится...

Возможность видоизменять среду, а не только себя,- крайне важна. Бобры плотины строят - они толстые & румяные. Мы плотины строим - мы толстые & румяные, а расплодились - похлеще бобров (случаются, конечно, аварии типа как Саяно-Шушинской, но это нас не останавливает, а только лишний раз намекает: пора подумать о др. источниках энергии).

 
  23.12.2009 16:25  |   a_bОтветить   
   

Это-то понятно, я хотел узнать кровавые подробности: например, открываются поры в мембране и клетка впрыскивает свою цитоплазму бактерии прямо в рот. Или, наоборот, все загустевает, и бактерия не спеша хрумкает поджаристую корочку.


  15.12.2009 05:24  |   AabОтветить   
 

== Данное открытие открывает простой и дешевый путь к искусственному проектированию и изготовлению белков, которые будут избирательно связываться с любыми интересующими нас нуклеотидными последовательностями. ==

Благая весть!

== Новое открытие позволит перейти от медленных 'дарвиновских' технологий к более быстрому и дешевому 'разумному дизайну'. ==

:)


  15.12.2009 12:46  |   RattusОтветить   
 

Хехе. "Обратный код". Интересная штука. Не исключено, что не единственный возможный вариант и не самый эффективный и точный, но первый не эмпирический, а уже вполне "формальный" инструмент для конструирования регуляторов таки есть.
Подумалось, что вместо куска-активатора транскрипции можно будет воткнуть куски с полимеразной, эндонуклеазной и пр. модифицирующими активностями (или хотя бы тоже активаторами соотв. ферментов), то это же даст вполне неиллюзорные возможности к созданию алгоритмов регуляции произвольных уровней сложности внутри клетки и вместо ДНК-калькулятора (что существует сейчас) можно таки будет сделать настоящий ДНК-компутирЪ.

Не удивлюсь, если авторы спустя N годков поедут в Стокгольм.


  18.12.2009 05:45  |   AabОтветить   
  

== Не удивлюсь, если авторы спустя N годков поедут в Стокгольм. ==

В статье указано, что предлагаемый механизм - не единственный, его просто удалось понять. Вот если разбирутся с остальными механизмами - 100% Нобель. Однако вокруг много желающих, сейчас ломанутся.

 
  18.12.2009 08:44  |   PavelSОтветить   
   

А этих остальных механизмов - их разве конечное множество? Сомневаюсь. Так что если разберутся со всеми, то они смогут объять необъятное.

  
  23.12.2009 03:11  |   AabОтветить   
    

== А этих остальных механизмов - их разве конечное множество? Сомневаюсь. ==

С чего бы это Природе разводить бесконечные множества? Она ж не Кантор какой-нибудь :)

Она не любит умножать сущности без необходимости. Да и потом: для кодирования БЕСКОНЕЧНОГО множества таких механизмов: разве не потребуется носитель информации бесконечной длины?

Мне-то как раз сдается, что таковых механизмов не так уж и много. Сколько? Полагаю, не более 10. Почему полагаю? Потому, что точно не знаю. Но пользуясь аллегорией, могу отметить, что, скажем, в физике известны 4 взаимодействия: сильное, слабое, электрическое и гравитационное (может быть, еще чего откроют, а может, кто уже и доказал, что более четырех быть не может...); в химии реакционная способность обуславливается тоже небольшим количеством взаимодействий: зарядовое взаимодействие, взаимодействие по принципу сильная_кислота-сильное_основание и слабая_кислота-сильное_основание (по Льюису), плюс орбитальный контроль (разного рода 2+2, 2+4 и 2+3 циклизации, еновые реакции и т.п.), плюс еще всякая мелочь (но и ее не так уж много). В случае взаимодействия ДНК(РНК)-белок не имеет место ковалентное связывание, все держится на водородных связях, вандерваальсовых взаимодействиях, зарядах, гидрофильности-гидрофобности; и конечно же - геометрическом соответствии. Кроме того, имеем, собственно, две основные сущности - ДНК и белок (ну может, низкомолекулярные метаболиты еще где вклиниваются, не знаю, но о таковом не слышал (если не брать в расчет низкомолекулярные лиганды, влияющие на связывание белка с нуклеиновыми кислотами, но эти лиганды - внешние (токсины), а если и внутренние, то их найдут всех со временем)). Между ними и идет основной поток информации. То есть, взаимодействующих сущностей не много, устроить комбинаторный взрыв количества взаимодействий им, по-моему,- не резон.

   
  24.12.2009 07:39  |   PavelSОтветить   
     

Нет, соль в том, что любой дефект в любом кодоне, любое отклонение от предыдущих правил, любой завиток третичной структуры ДНК и любой перегиб - это что-то да кодирует. Т.е. если это читать по формальным правилам, будет ошибка чтения. А де-факто, оно как-то да будет прочитано, какие-то реакции да запустит. Так вот множество отклонений от нормы и множество катализируемых этим реакций - таких отклонений может быть сколько угодно.

И носитель информации бесконечной длинны не понадобится. Множество таких конечных носителей бесконечно (как бесконечно множетсво целых, т.е. конечных, чисел).

"Физике известны 4 взаимодействия" - так это мы нашли 4, и нам достаточно. :) Сколько их на самом деле никто не скажет. Всё остальное о чем ты пишешь, ты пишешь не о реальности, а о чьих-то грубых приближениях к реальности. Про химию - вы похоже выкинули всю органическую химию, она много сложнее. Например атом металла запертый механически в молекуле С60, что не ложится ни в кислоты, ни в основания.

    
  24.12.2009 10:46  |   a_bОтветить   
      

[Оставим химию химику(ам)]
Бесконечность - это слишком сильное утверждение. Для непознаваемости достаточно просто очень большого числа.
Но дело вряд ли обстоит таким образом, как Вы описываете. Возьмем набор цифр 0-9 и будем записывать [целые] числа. Способов исказить рукописное написание действительно бесконечно много, но прочтем мы конечное число [неправильных] вариантов. В конце концов, на одном знакоместе мы прочтем именно цифру, а не букву "зю".
Два соображения, почему в биокодировании должно быть примерно так же. Во-первых, декодирующие механизмы (молекулы) занимают определенный объем (это аналог знакоместа). Во-вторых, жизнь демонстрирует достаточно устойчивое воспроизведение достигнутых результатов, несмотря на отклонения, значит, есть интервалы, в пределах которых вариации не изменяют смысла закодированного.
И еще. Иерархия. Неважно, существует 5-е (10-е) взаимодействие или нет, результаты его столь ничтожны, что не фиксируются даже в прецизионных измерениях.

    
  25.12.2009 19:35  |   AabОтветить   
      

== Т.е. если это читать по формальным правилам, будет ошибка чтения.==

Видимо, имеют место быть некие синонимические прочтения, дающие похожие результаты. Если же результаты сильно разнятся, то, если это полезная мутация, то она имеет шанс сохранится, если вредная - сильно вредная,- то будет уничтожен носитель; "нейтральные" мутации будут копиться (не совсем так, но в первом приближении,- так).

== Так вот множество отклонений от нормы и множество катализируемых этим реакций - таких отклонений может быть сколько угодно. ==

Если затронуты белок-кодирующие последовательности, то может получиться чуть менее активный белок, может получится неактивный, более активный; но, конечно, может получится белок катализирующий какую-нибудь новую реакцию (но для этого уже должны быть субстраты, а их набор - старый). Если это мембранный белок, то будет, небольшое ухудшение (его потом естественный отбор устранит в ряду поколений), большое (особь умрет или не разовьется во взрослое состояние, или не даст потомства), или функция будет выполнятся лучше. По-любому, это все "лечится". Если затронуты регуляторные механизмы, то сценарии тоже не фатальные. Жизнь показывает, что не смотря на изменчивость, она вполне устойчива, более того - весьма живуча.

== Всё остальное о чем ты пишешь, ты пишешь не о реальности, а о чьих-то грубых приближениях к реальности. ==

Да, это метафизические измышления. Но они лучше, чем отсутствие мыслей вообще: их хотя бы можно подвергнуть анализу и проверке.

== Про химию - вы похоже выкинули всю органическую химию, она много сложнее. ==

Химия располагает большим набором реакций, но принципов, на которых они основаны - гораздо меньше. Имеет место быть разворачивание немногих принципов в большое множество конкретных воплощений. Естественно, я не стал вдаваться в, скажем, элементоорганику. Зачем тут, скажем, разводить бодягу о каких-нибудь палладий-органических катализаторах, о бор-органике и т.д. Природа решает эти вопросы подругому, строит молекулы свои подругому, у нее более специфичный набор, эволюционно возникший.

== Например атом металла запертый механически в молекуле С60, что не ложится ни в кислоты, ни в основания. ==

Какая бактерия такое варит? :)


  15.12.2009 20:40  |   dimsОтветить   
 

Мне кажется, наличие множества систем кодирования говорит в пользу того, что, возможно, ни ДНК, ни РНК не были первыми молекулами жизни. Система кодирования вполне могла эволюционировать и переходить от одной системы кодирования к другой.






Subpages (1): Коммент29-30
Comments