molbiol_ru

http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=361358  27/3/10
Учебник по молекулярной эволюции и филогенетическому анализу 

Участник оффлайн! Владимир Лукашов

Москва-Амстердам



 прочитанное сообщение 07.10.2009 15:09     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать URL #1 множественное цитирование

картинка: oblozhka_small.JPG


Уважаемые коллеги, имею честь представить вам свою книгу:

Лукашов В.В. Молекулярная эволюция и филогенетический анализ. М.: Бином. Лаборатория знаний. 2009.
ISBN 978-5-9963-0176-8.


Эта книга - первый отечественный учебник, освещающий широкий спектр вопросов, связанных с филогенетическим анализом в молекулярной эволюции. Книга предназначена для студентов, аспирантов и научных сотрудников биологических, медицинских и математических специальностей, занимающихся вопросами биоинформатики, эволюционного и филогенетического анализа, а также медицинских сотрудников, интересующихся этими вопросами. Книга допущена Учебно-методическим объединением по классическому университетскому образованию России в качестве учебного пособия для студентов, обучающихся по специальности "биоинженерия и биоинформатика".

Книга выходит в октябре 2009 г., вся информация касательно покупки книги дана на сайте издательства: http://www.lbz.ru/help.

Я буду признателен за отзывы, замечания, предложения касательно этой книги, которые следует направлять по адресу Lukashov_book@mail.ru. 





Содержание книги:
Глава 1. Цели, принципы и понятия молекулярной эволюции

1.1. Задачи молекулярной эволюции как науки
1.2. Нуклеотидные последовательности
1.3. Аминокислотные последовательности
1.4. Генетический код
1.5. Мутации
1.6. Нуклеотидные замены
   1.6.1. Транзиции и трансверсии
   1.6.2. Синонимичные и несинонимичные замены
1.7. Нуклеотидный и аминокислотный состав, использование кодонов
1.8. Эволюция нуклеотидной последовательности
1.9. Консенсусные последовательности
1.10. Гомологичные и сходные признаки, конвергенция
1.11. Естественный отбор и неодарвинизм
1.12. Закрепление мутации в популяции
1.13. Концепция молекулярных часов
1.14. Нейтральная теория молекулярной эволюции
1.15. Эволюционная систематика
1.16. Проведение эволюционного анализа

Глава 2. Выравнивание генетических последовательностей

2.1. Цели выравнивания последовательностей
2.2. Принципы выравнивания последовательностей
2.3. Алгоритмы выравнивания двух последовательностей
   2.3.1. Принцип матрицы точек
   2.3.2. Алгоритмы Нидлмена-Вунша и Смита-Уотермена, глобальное и локальное выравнивание
   2.3.3. Общие принципы динамического программирования при выравнивании последовательностей
   2.3.4. Методы слов
2.4. Множественное выравнивание

Глава 3. Модели эволюции и эволюционные дистанции между генетическими последовательностями

3.1. Наблюдаемые, истинные и расчетные эволюционные дистанции
3.2. Модели эволюции и дистанции между нуклеотидными последовательностями
   3.2.1. Модель Джукса-Кантора
   3.2.2. Модель Кимуры
   3.2.3. Модель Таджимы-Неи
   3.2.4. Другие модели эволюции нуклеотидных последовательностей
   3.2.5. Гамма-дистанции
   3.2.6. Сравнение различных моделей
3.3. Синонимичные и несинонимичные дистанции и их отношение
3.4. Аминокислотные дистанции, матрицы вероятностей аминокислотных замещений
3.5. Учет делеций и отсутствующей информации

Глава 4. Филогенетический анализ

4.1. Филогенетические деревья
4.2. Дистанционные методы построения филогенетических деревьев
   4.2.1. Принципы дистанционных методов
   4.2.2. Метод UPGMA
   4.2.3. Метод трансформированной дистанции
   4.2.4. Метод минимума эволюции
   4.2.5. Методы связей между соседями
   4.2.6. Метод присоединения соседей
   4.2.7. Установление длин ветвей
4.3. Методы анализа дискретных признаков
   4.3.1. Принципы методов анализа дискретных признаков
   4.3.2. Метод максимальной экономии
   4.3.3. Метод максимального правдоподобия
4.4. Статистическая оценка дерева, бутстрэп-анализ
4.5. Таксономия: фенетика и кладистика
4.6. Сравнение филогенетических методов
4.7. Другие филогенетические методы

Глава 5. Отдельные задачи эволюционного анализа

5.1. Рекомбинационный анализ
5.2. Анализ нуклеотидного и аминокислотного состава и использования кодонов
   5.2.1. Смещения нуклеотидного состава
   5.2.2. Различия в использовании кодонов
   5.2.3. Анализ нуклеотидного состава и использования кодонов в филогенетических исследованиях
5.3. Анализ молекулярных часов
   5.3.1. Вопросы, связанные с концепцией молекулярных часов
   5.3.2. Установление и калибровка молекулярных часов – тест относительных скоростей эволюции
   5.3.3. Другие подходы к установлению молекулярных часов
   5.3.4. Проблемы филогенетического анализа, связанные с несоблюдением модели молекулярных часов
   5.3.5. Анализ молекулярных часов в эволюции высших организмов
   5.3.6. Анализ молекулярных часов в эволюции вирусов
   5.3.7. Молекулярные часы в эволюции ВИЧ-1 и их использование для датирования начала эпидемий и эволюционных событий
5.4. Анализ митохондриальной ДНК
   5.4.1. Особенности эволюционного анализа митохондриальной ДНК
   5.4.2. Концепция митохондриальной Евы и использование анализа мтДНК при изучении происхождения человека
5.5. Молекулярная эпидемиология
   5.5.1. Задачи и принципы молекулярной эпидемиологии
   5.5.2. Установление источника заражения
   5.5.3. Анализ эпидемиологических сетей

Глава 6. Компьютерные программы для эволюционного анализа

6.1. Типы компьютерных программ
6.2. Программы для хранения и редактирования последовательностей
6.3. Международные базы генетических данных
6.4. Программы для выравнивания последовательностей
6.5. Программы для филогенетического анализа
6.6. Другие программы


Сообщение было отредактировано Владимир Лукашов - 07.10.2009 17:03 

Всего благодарностей: 32Поблагодарили (32)Kadetafanasev-maxolkcampuserrorуууSnake pnzdaniil naumoffStatintravkaGoncharovarabidopsispapilio bianorisotopemlogTosH,borgenetSavetaKasegreen mouseAshKIRKMike ShelkСашаКазаровklav,Horse-radishMarina-TayGuest1YasonDaemonarchestratygosSilence



Сообщение в колонке новостей: Наука: общая и молекулярная биологияСообщение в колонке новостей, раздел "Наука: общая и молекулярная биология" 
08.10.2009 01:38
Участник оффлайн! daniil naumoff
Постоянный участник
Moscow, Russia



 прочитанное сообщение 08.10.2009 23:41     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

А можно сюда ещё список литературы выложить?
Участник оффлайн! Statin
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 09.10.2009 13:36     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

Судя по оглавлению, весьма интересно. Только по ссылке я что-то не нашел на сайте редакции никакой информации о книге, дайте прямую ссылку.
Участник оффлайн! Владимир Лукашов

Москва-Амстердам



 прочитанное сообщение 09.10.2009 15:41     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

(daniil naumoff @ 08.10.2009 22:41)
Ссылка на исходное сообщение  А можно сюда ещё список литературы выложить?

Я сам - не против, но такие вопросы - решает издательство. Я с ними поговорю. Насколько я знаю, они разрешают давать в интернете оглавление и предисловие, другое - не знаю.
Участник оффлайн! Владимир Лукашов

Москва-Амстердам



 прочитанное сообщение 09.10.2009 15:55     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

(Statin @ 09.10.2009 12:36)
Ссылка на исходное сообщение  Судя по оглавлению, весьма интересно.  Только по ссылке я что-то не нашел  на сайте редакции никакой информации о книге, дайте прямую ссылку.

Спасибо за интерес к моей книге! Она по плану должна начать продаваться через пару недель, но сейчас уже можно направить предварительную заявку в издательство. Это, конечно, в первую очередь рассчитано на оптовых покупателей - библиотеки, торговые дома...
Участник оффлайн! daniil naumoff
Постоянный участник
Moscow, Russia



 прочитанное сообщение 10.10.2009 13:53     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

(Владимир Лукашов @ 09.10.2009 16:41)
Ссылка на исходное сообщение  Я сам - не против, но такие вопросы - решает издательство. Я с ними поговорю. Насколько я знаю, они разрешают давать в интернете оглавление и предисловие, другое - не знаю.


Тогда просто напишите сколько ссылок всего и в т.ч.: статьи, научные книги и учебники. Это поможет сориентироваться.
Guest 
IP-штамп: frPqLNtfUIYa.
гость



 прочитанное сообщение 12.10.2009 16:43     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование

Дайте нормальную ссылку на веб-страницу где книга имеется. Я долго рыскал так и ничего и не нашел... confused.gif 
С уважениею, Я.
П.С. Я такую книгу давно искал.
Участник оффлайн! Владимир Лукашов

Москва-Амстердам



 прочитанное сообщение 12.10.2009 17:09     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование

(daniil naumoff @ 10.10.2009 12:53)
Ссылка на исходное сообщение  Тогда просто напишите сколько ссылок всего и в т.ч.: статьи, научные книги и учебники. Это поможет сориентироваться.

В книге - 378 ссылок, в основном - журнальные статьи, конечно, плюс еще есть небольшой раздел "Книги для дополнительного чтения", по различным (смежным) вопросам биоинформатики, сравнительной геномики и т.д., с моими короткими аннотациями. 

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1)daniil naumoff
Участник оффлайн! Владимир Лукашов

Москва-Амстердам



 прочитанное сообщение 12.10.2009 17:15     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование

(Guest @ 12.10.2009 15:43)
Ссылка на исходное сообщение  Дайте нормальную ссылку на веб-страницу где книга имеется. Я долго рыскал так и ничего и не нашел... confused.gif 
С уважениею, Я.
П.С. Я такую книгу давно искал.

Спасибо за интерес к книге! Пока - на нее принимаются только оптовые заявки. В конце октября (вроде бы, пока все идет по плану) - книга будет в рознице, и ссылку на страницу я, конечно, дам.
Участник оффлайн! Nosferatumyia

Киев - Тервюрен



 прочитанное сообщение 13.10.2009 11:23     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование

Очень ждем ссылок на розницу. Сил никаких нет терпеть - как нужна книга - и для курса систематики, и по жизни - чтоб читать по ночам под подушкой... smile.gif
Участник оффлайн! Владимир Лукашов

Москва-Амстердам



 прочитанное сообщение 29.10.2009 14:28     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #11 множественное цитирование

Уважаемые коллеги!

Книга уже поступила в розничную продажу. Пока - только в Москве, в магазине издательства (Перовское ш., 10/1, ст. м. "Перово" или "Авиамоторная", телефоны и схема проезда внизу страницы www.lbz.ru/contact). Издательская цена - 198 руб.

Через некоторое время книга будет продаваться и через интернет, тогда на сайте книгиwww.lbz.ru/katalog/products/literatura-dlja-vuzov-20030/biologija/molekuljarnaja-evoljucija-i-filogeneticheskij-analizвнизу страницы появится прямая ссылка на интернет-магазин My-shop.ru.
Участник оффлайн! Владимир Лукашов

Москва-Амстердам



 прочитанное сообщение 30.10.2009 16:04     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #12 множественное цитирование

Уважаемые коллеги!

Книгу можно купить и в интернет-магазине, страница книги - http://my-shop.ru/shop/books/494877.html?partner=02266.
Денис 
IP-штамп: frNVjPT6S76SU
гость



 прочитанное сообщение 30.10.2009 16:09     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #13 множественное цитирование

Сообщите, пожалуйста, когда книга будет в продаже в Питере.
Участник оффлайн! Владимир Лукашов

Москва-Амстердам



 прочитанное сообщение 09.11.2009 17:35     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #14 множественное цитирование

(Денис @ 30.10.2009 14:09)
Ссылка на исходное сообщение  Сообщите, пожалуйста, когда книга будет в продаже в Питере.

Уважаемый Денис! Спасибо за интерес к моей книге. Касательно Вашего вопроса - этим занимается издательство. У них - большая дилерская сеть по всей России, включая и Питер, конечно, полный список магазинов - здесь: http://www.lbz.ru/ftpgetfile.php?module=files&id=44.

Так что можно узнать в магазинах, либо же - просто заказать через интернет, http://my-shop.ru/shop/books/494877.html?partner=02266.
Участник оффлайн! daniil naumoff
Постоянный участник
Moscow, Russia



 прочитанное сообщение 25.11.2009 15:45     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #15 множественное цитирование

Ознакомился с фрагментом этой книги, выставленном на сайте издательства. Хотелось бы поделиться замечанимями, которые, возможно, автор сочтёт полезными при переиздании:
  • "Число нуклеотидных последователь-
    ностей в международной базе генетических данных GenBank
    превышает 70 миллионов, а их общая длина—80 миллиардов
    нуклеотидов" (стр. 5)
    Однако согласно приведённому рисунку эти цифры даны по остоянию на конец 2006 года.
    Только что провёл скрининг GenBank и получил такую статистику:
    Database: All GenBank+EMBL+DDBJ+PDB sequences (but no EST, STS,
    GSS,environmental samples or phase 0, 1 or 2 HTGS sequences)
    10,297,715 sequences; 29,528,187,067 total letters
    Database: Database of GenBank+EMBL+DDBJ sequences from EST
    Divisions
    63,801,240 sequences; 35,116,146,622 total letters
    Database: GenBank non-mouse and non-human EST entries
    50,652,829 sequences; 28,607,082,625 total letters
    Database: Database of GenBank+EMBL+DDBJ sequences from STS
    Divisions
    1,310,770 sequences; 629,619,607 total letters
    Database: Genome Survey Sequence, includes single-pass genomic
    data, exon-trapped sequences, and Alu PCR sequences.
    27,191,274 sequences; 17,653,493,127 total letters
    Database: environmental samples
    17,708,548 sequences; 7,218,208,433 total letters
    Database: Unfinished High Throughput Genomic Sequences;
    Sequences: phases 0,1 and 2
    143,767 sequences; 24,079,343,732 total letters
  • "Эта книга предназначена для студентов, аспирантов и науч-
    ных сотрудников биологических, медицинских и математиче-
    ских специальностей, занимающихся вопросами эволюционного
    и филогенетического анализа, а также медицинских сотрудни-
    ков
    , интересующихся этими вопросами." (стр. 6)
    Почему именно медицинских сотрудников, а, скажем, не преподавателей биологии в средних учебных заведениях или учеников школ с углублённым изучением естественно-научных дисциплин?
  • "доклеточные и клеточные формы жизни" (дважды на стр. 9)
    Кажется некорректным называть вирусы доклеточной формой жизни, т.к. исторически они не могли предшествовать клеточной форме жизни, будучи её паразитами.
  • "механизмы пребиотической эволюции" (стр. 9)
    Сам факт существования пребиотической эволюции является спорным, поэтому упоминание о её механизмах в учебнике представляется по крайней мере преждевременным.
  • Рис. 1.1. (стр.10). Опечатки в формулах цитидин монофосфата и гуанозин монофосфата (четырёхвалентный азот и пятивалентный углерод). Также приводится формула тимидин монофосфата (не дезокси) - что вполне может запутать читателя.
  • "В молекуле нуклеиновой кислоты различают кодирующие
    и некодирующие участки. Первые кодируют белки, вторые ..." (стр.11). 
    А как быть с генами транспортных и прочих РНК?
  • "выде-
    ляют алифатические (с дальнейшим делением на моноаминомо-
    но
    карбоновые, оксимоноаминокарбоновые и т. д.)..." (стр.11). 
    Почему такое противопоставление?
  • Таблица 1.1 (стр.12). Почему для аспарагина и валина формулы даны с указанием оптической изомерии, а для остальных аминокислот - нет?
  • Таблица 1.2 (стр.14). Дважды фенилаланин в однобуквенном коде назван P, а не F.


Сообщение было отредактировано daniil naumoff - 25.11.2009 15:46
Участник оффлайн! Владимир Лукашов

Москва-Амстердам



 прочитанное сообщение 25.11.2009 19:56     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #16 множественное цитирование

Спасибо за замечания! Естественно - я их всегда приветствую, 

(daniil naumoff @ 25.11.2009 14:45)
Ссылка на исходное сообщениеХотелось бы поделиться замечанимями, которые, возможно, автор сочтёт полезными при переиздании:[list]
[*] "Число нуклеотидных последовательностей в международной базе генетических данных GenBank превышает 70 миллионов, а их общая длина—80 миллиардов нуклеотидов" (стр. 5)
Однако согласно приведённому рисунку эти цифры даны по cостоянию на конец 2006 года.

Только что провёл скрининг GenBank и получил такую статистику...


Обратите внимания на шкалу - там последние данные на август 2007 г. Там цель - показать именно динамику, насколько рос объем информации до и после 1997 г. - колоссальный скачок! И в GenBank'e - была хорошая историческая таблица, которая - каждые два месяца это дело меряла, то есть - именно помесячно динамику можно показать. Но что-то они ее не обновляли с тех пор (по крайней мере, когда я последний раз проверял перед сдачей книги). А так - да, информация удваивается каждые полтора года, +-. 

Почему именно медицинских сотрудников, а, скажем, не преподавателей биологии в средних учебных заведениях или учеников школ с углублённым изучением естественно-научных дисциплин?

Ну, если учитель биологии в школе сочтет эту книгу полезной в его работе - я буду только рад! А когда я книгу писал - то писал ее в расчете все-таки на студента-аспиранта-научного сотрудника, для этой целевой аудитории. В смысле - можно излагагать чуть проще или чуть сложнее, в расчете на конкретную аудиторию.

Кажется некорректным называть вирусы доклеточной формой жизни, т.к. исторически они не могли предшествовать клеточной форме жизни, будучи её паразитами.

Ой, тут -море спорных вопросов. Собственно - являются ли вирусы формой жизни вообще, в принципе? Очень многие - уже с этим не согласятся (Viruses are most often considered replicators rather than forms of life.) Я - в книге использовал устоявшийся оборот, без развертывания дискуссии по этому поводу. Английский вариант (non-cellular life) - мне тоже не очень нравится. Неклеточная форма жизни - которая суть-то и живет исключительно в клетке?

"механизмы пребиотической эволюции" (стр. 9) Сам факт существования пребиотической эволюции является спорным, поэтому упоминание о её механизмах в учебнике представляется по крайней мере преждевременным.

Так я же - и упомянул, что традиционно учебники это не рассматривают. Хотя - возьмите журналы по молекулярной эволюции, тот же J Mol Evol, - широко публикуют о пребиотической эволюции.

Рис. 1.1. (стр.10). Опечатки в формулах цитидин монофосфата и гуанозин монофосфата (четырёхвалентный азот и пятивалентный углерод).

А ведь не было этого у меня в рукописи - правильно в редакцию отдавал! (смотри файл). Пририсовали...

"В молекуле нуклеиновой кислоты различают кодирующие и некодирующие участки. Первые кодируют белки, вторые ..." (стр.11).

Так у меня там - в частности, регуляторные элементы. Но, понятно - не только же регуляторные элементы.

выделяют алифатические (с дальнейшим делением на моноаминомонокарбоновые, оксимоноаминокарбоновые и т. д.)..." (стр.11).
Почему такое противопоставление?

Тут я, честно говоря - не понял вопроса. Вопрос - к химикам. Алифатические ак - действительно, делятся на моноаминомонокарбоновые, оксимоноаминокарбоновые и т. д.. Т.д. - это серосодержащие, моноаминодикарбоновые и амиды моноаминодикарбоновых.

Таблица 1.2 (стр.14). Дважды фенилаланин в однобуквенном коде назван P, а не F.

А вот это - моя опечатка. Везде во всех таблицах правильно, а тут - да, опечатался.

Спасибо! 

Файл/ы:

скачать файл 1.1.doc
размер: 249.5к
кол-во скачиваний: 47


Участник оффлайн! daniil naumoff
Постоянный участник
Moscow, Russia



 прочитанное сообщение 26.11.2009 16:36     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #17 множественное цитирование

(Владимир Лукашов @ 25.11.2009 20:56)
Ссылка на исходное сообщение  Обратите внимания на шкалу - там последние данные на август 2007 г. Там цель - показать именно динамику, насколько рос объем информации до и после 1997 г. - колоссальный скачок! И в GenBank'e - была хорошая историческая таблица, которая - каждые два месяца это дело меряла, то есть - именно помесячно динамику можно показать. Но что-то они ее не обновляли с тех пор (по крайней мере, когда я последний раз проверял перед сдачей книги).

На самом деле это не очень честные цифры - нельзя формально суммировать все базы данных, например Database: All GenBank+EMBL+DDBJ+PDB sequences (but no EST, STS,GSS,environmental samples or phase 0, 1 or 2 HTGS sequences) или Database: Unfinished High Throughput Genomic Sequences с Database: Database of GenBank+EMBL+DDBJ sequences from EST Divisions. Первые - это, как правило, результат многократных независимых секвенирований, а вторые - однократные, притом во множестве дублей.

Так у меня там - в частности, регуляторные элементы. Но, понятно - не только же регуляторные элементы.

Про белки нет оговорки "в частности".

Тут я, честно говоря - не понял вопроса. Вопрос - к химикам. Алифатические ак - действительно, делятся на моноаминомонокарбоновые, оксимоноаминокарбоновые и т. д.. Т.д. - это серосодержащие, моноаминодикарбоновые и амиды моноаминодикарбоновых.

Применение термина "моноаминомонокарбоновые" порождает желание увидеть термин "оксимоноаминомонокарбоновые", хотя, конечно, первые из них могут быть и дикарбоновыми, а вторые - нет.
Участник оффлайн! Владимир Лукашов

Москва-Амстердам



 прочитанное сообщение 26.11.2009 17:41     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #18 множественное цитирование

(daniil naumoff @ 26.11.2009 15:36)
Ссылка на исходное сообщение  На самом деле это не очень честные цифры - нельзя формально суммировать все базы данных, например Database: All GenBank+EMBL+DDBJ+PDB sequences (but no EST, STS,GSS,environmental samples or phase 0, 1 or 2 HTGS sequences) или Database: Unfinished High Throughput Genomic Sequences с Database: Database of GenBank+EMBL+DDBJ sequences from EST Divisions. Первые - это, как правило, результат многократных независимых секвенирований, а вторые - однократные, притом во множестве дублей.

Там - только по Генбанку данные, их официальные. А так, если начинать копаться - так куча спорных вопросов, конечно. Навскидку:

1) действительно - а убираются ли дубли, т.е. - считаются ли только уникальные последовательности?
2) вопросы аннотированности - какая польза от неаннотированной (неизвестно, от кого) последовательности? Хотя, понятно - в ряде случаев есть.
3) две последовательности, 5- и 3-штрих конца одного белка, перекрывающиеся - это две последовательности или одна? Как считать...
4) безусловно, далеко не вся информация идет в Генбанк - сколько миллионов букв только у нас в лаборатории не отослано, когда амплифицируется непонятные пулы, в рамках, например, программ по открытию новых вирусов.
5) диагностическая генетическая информация.. Опять-таки, только в нашей лаборатории за год тысячи вирусов анализируются, на чувствительность к лекарствам, например. Никуда информация не идет.

Реально в мире - понятно, много-много больше. Но там цель рисунка - оценить масштаб изменений.

Про белки нет оговорки "в частности".

А! В принципе, можно и так, и так. Я же не говорю - только белки. Этот момент мне нужен только для перехода к синонимичным и несинонимичным заменам.

Применение термина "моноаминомонокарбоновые" порождает желание увидеть термин "оксимоноаминомонокарбоновые", хотя, конечно, первые из них могут быть и дикарбоновыми, а вторые - нет.


Проверил (ссылка) еще раз у химиков - именно так и классифицируются.
Участник оффлайн! daniil naumoff
Постоянный участник
Moscow, Russia



 прочитанное сообщение 03.12.2009 10:38     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #19 множественное цитирование

Наконец-то в мои руки попала сама книга. Бегло просмотрел. Обратил внимание на рисунок 4.5 (стр.100). Могу его здесь разместить, но не знаю на сколько это будет законно. На мой взгляд в нём допущено сразу несколько опечаток, что превращает его в ребус (не думаю, что неподготовленный читатель сможет понять как именно этот рисунок должен был выглядеть на самом деле). Вот мои замечания:
  • во множественном выравнивании в последовательности B зачем-то указан первый нуклеотид, хотя он совпадает с последовательностью A;
  • во второй матрице перепутаны названия колонок и строк: колонки должны быть C, D и E, а строки - AB, C и D;
  • было бы полезно объяснить как четыре выделенных в матрицах числа (0.0699, 0.1279 и т.д.) были конвертированы в значения, отложенные на шкале последнего древа, а также указать, что эта шкала применима и к трём остальным деревьям.


Сообщение было отредактировано daniil naumoff - 03.12.2009 10:41
Участник оффлайн! Владимир Лукашов

Москва-Амстердам



 прочитанное сообщение 03.12.2009 12:55     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #20 множественное цитирование

(daniil naumoff @ 03.12.2009 09:38)
Ссылка на исходное сообщение  Наконец-то в мои руки попала сама книга. Бегло просмотрел. Обратил внимание на рисунок 4.5  (стр.100). Могу его здесь разместить, но не знаю на сколько это будет законно. На мой взгляд в нём допущено сразу несколько опечаток, что превращает его в ребус (не думаю, что неподготовленный читатель сможет понять как именно этот рисунок должен был выглядеть на самом деле). Вот мои замечания:

  • во множественном выравнивании в последовательности B зачем-то указан первый нуклеотид, хотя он совпадает с последовательностью A;
  • во второй матрице перепутаны названия колонок и строк: колонки должны быть C, D и E, а строки - AB, C и D;
  • было бы полезно объяснить как четыре выделенных в матрицах числа (0.0699, 0.1279 и т.д.) были конвертированы в значения, отложенные на шкале последнего древа, а также указать, что эта шкала применима и к трём остальным деревьям.


Спасибо! Опять-таки, все это - редакционные опечатки, в моей рукописи - все правильно было. Мой рисунок - приложен. 

Файл/ы:

скачать файл 4.5.doc
размер: 39к
кол-во скачиваний: 53


Участник оффлайн! daniil naumoff
Постоянный участник
Moscow, Russia



 прочитанное сообщение 03.12.2009 13:36     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #21 множественное цитирование

(Владимир Лукашов @ 03.12.2009 13:55)
Ссылка на исходное сообщение  Спасибо! Опять-таки, все это - редакционные опечатки, в моей рукописи - все правильно было. Мой рисунок - приложен.


А гранки они не дают смотреть?
Участник оффлайн! Владимир Лукашов

Москва-Амстердам



 прочитанное сообщение 03.12.2009 14:27     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #22 множественное цитирование

(daniil naumoff @ 03.12.2009 12:36)
Ссылка на исходное сообщение  А гранки они не дают смотреть?

Гранки я - раз десять вычитывал, и не я один, каждый раз - то одно появляется, то другое. Одно поправишь - другое появится. То редактору что-то не понравится, то художнику, то верстальщику, то корректору, то кто-то что-то не так поймет... Нормальный редакционный процесс! Это - притом, что издательство - очень хорошее, сотрудники - добросовестные профессионалы.

Пример: эту ветку с анонсом книги я открыл, когда сам еще экземпляра книги не имел. Но у меня был - полный ее макет, откуда - я и взял выходные данные, включая и ISBN книги. Получаю книгу - а там стоит другой ISBN. На каком этапе он изменился, и как вообще можно изменить уже присвоенный ISBN - не спрашивайте!

Правильный ISBN - 978-5-9963-0114-0.
Guest 
IP-штамп: frhXnj2SJHPeQ
гость



 прочитанное сообщение 12.12.2009 19:21     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #23 множественное цитирование

(Владимир Лукашов @ 25.11.2009 19:56)
[
Ой, тут -море спорных вопросов. Собственно - являются ли вирусы формой жизни вообще, в принципе? Очень многие - уже с этим не согласятся (Viruses are most often considered replicators rather than forms of life.) Я - в книге использовал устоявшийся оборот, без развертывания дискуссии по этому поводу. Английский вариант (non-cellular life) - мне тоже не очень нравится. Неклеточная форма жизни - которая суть-то и живет исключительно в клетке?


Если подразумевать по термином "non-cellular life" не место жизнедеятельности вирусов, а их строение, то данный термин я считаю кратким и оптимальным.
Участник оффлайн! Goncharov
Участник
СПб



 прочитанное сообщение 27.02.2010 12:24     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #24 множественное цитирование

Спасибо за книжку! Интересно, читаем...

Сообщение было отредактировано Goncharov - 27.02.2010 12:24
Участник оффлайн! Daemonarchestratygos
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 27.02.2010 20:46     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #25 множественное цитирование

(Goncharov @ 27.02.2010 10:24)
Ссылка на исходное сообщение  Спасибо за книжку! Интересно, читаем...

В Питере продаётся?
Участник оффлайн! Goncharov
Участник
СПб



 прочитанное сообщение 27.02.2010 22:43     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #26 множественное цитирование

Нет, это через интернет-магазин http://my-shop.ru/shop/books/494877.html?partner=02266 

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1)Daemonarchestratygos
Участник оффлайн! Владимир Лукашов

Москва-Амстердам



 прочитанное сообщение 22.03.2010 15:21     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #27 множественное цитирование

(Goncharov @ 27.02.2010 11:24)
Ссылка на исходное сообщение  Спасибо за книжку! Интересно, читаем...

Очень рад, что моя книга Вам понравилась!

Вообще она пользуется успехом: уже три месяца - лидер по торговому рейтингу среди всех книг (n=253) по различным вопросам биологии, ссылка.

Сообщение было отредактировано Владимир Лукашов - 22.03.2010 15:33
Участник оффлайн! Владимир Лукашов

Москва-Амстердам



 прочитанное сообщение 22.03.2010 15:42     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #28 множественное цитирование

(Daemonarchestratygos @ 27.02.2010 19:46)
Ссылка на исходное сообщение  В Питере продаётся?


По информации на сегодня, есть в Доме книги на Невском. Ну или через интернет-магазины, конечно. В Спб - возможно, удобнее (быстрее-дешевле) через OZON, питерская же фирма, ссылка.




Comments